小型医疗污水处理设备所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。

工艺选择原则为：

A、传染病医用污水处理必须采用二级处理，并需进行预消毒处理

B、处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。

C、处理出水排入城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须加强处理效果。

D、对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理。